Situata sul Colle Celio, la Basilica venne eretta a partire dal 398 dal Senatore Bizante o da suo figlio Pammachio sul sito di un edificio.
Databile tra il I e il II secolo, è stata utilizzata prima come domus ecclesiae da una comunità cristiana e poi è divenuta sepoltura dei martiri Giovanni e Paolo.
La chiesa originaria venne danneggiata dai Visigoti di Alarico I durante il sacco di Roma (410), poi da un terremoto nel 442 e, infine, nel 1804 venne saccheggiata dai Normanni. Il Papa Pasquale II (1099 – 1118) ne promosse i lavori di restauro e vi aggiunse il campanile e il portico che sostituì l’originario nartece. L’edificio fu continuamente rimaneggiato nei secoli successivi, in particolare notevoli gli interventi promossi nel 1715 dal cardinale Fabrizio Paolucci. Solo nel 1951 assume l’attuale fisionomia, quando il cardinale Francis Joseph Spellman ne ripristina la facciata paleocristiana.
Il soffitto ligneo è cinquecentesco. Dietro all’altare maggiore, nel catino dell’abside, vi è l’affresco del “Cristo in gloria” di Niccolò Circignani, detto il Pomarancio.
Il pavimento è in stile cosmetico. Al centro della navata, una lapide contornata da una ringhiera ricorda il luogo dove è avvenuto il martirio e la sepoltura dei Santi Giovanni e Paolo.
All’esterno, al lato del portico paleocristiano, il campanile a sette piani, realizzato sui resti del basamento del Tempio del Divo Claudio, è aperto da bifore ed è decorato con copie di piatti in ceramica mediorientale.
La Basilica è tra i luoghi più suggestivi di Roma. La popolarità è dovuta, oltre che dalla bellezza degli interni in stile barocco, dalla presenza di 35 lampadari di cristallo che regalano un’atmosfera preziosa e romantica. Piccola curiosità: i lampadari, regalati dal Cardinale Francis Spellman negli anni ’50, adornavano i soffitti del Waldorf Hotel di New York.